Prema tim navodima, koji nisu nezavisno potvrđeni, Hamnei je ranjen na početku rata 28. februara, dok se od tada nije pojavljivao u javnosti niti su objavljivane njegove fotografije ili snimci. Izvori tvrde da učestvuje u radu kroz audio-konferencije i u donošenju ključnih odluka.
Navodno se i dalje nalazi u procesu oporavka, ali je mentalno aktivan, dok se njegova sposobnost procenjuje tako da u potpunosti može da obavlja funkciju vrhovnog vođe. Iranske vlasti nisu zvanično potvrdile detalje o njegovom zdravstvenom stanju. U izveštaju je navedeno da je njegov otac, dugogodišnji iranski vrhovni vođa, poginuo u istom napadu, kao i više članova porodice, dok su pojedini američki izvori tvrdili da je Hamnei zadobio ozbiljne povrede, uključujući moguće gubitke ekstremiteta. Analitičari upozoravaju da bi eventualna slabija vidljivost i ograničen autoritet novog vođe mogle da utiču na unutrašnju političku ravnotežu u Iranu, posebno u kontekstu ratnih okolnosti i diplomatskih pregovora koji su u toku.